Como en todas las Fundaciones, el máximo órgano de gobierno, representación, administración y disposición del patrimonio de la Fundación es el Patronato. En nuestro caso, este órgano colectivo está compuesto por: un Presidente; seis vocales institucionales que representan al Real Patronato del Museo del Prado, a las Reales Academias de Bellas Artes y de la Historia, la Basílica de Jesús de Medinaceli, el Real Monasterio de Santa María de Poblet y el Obispado de Jaen respectivamente; un Consejo de Vigilancia integrado por personalidades del mundo de la Iglesia, de la cultura y de la empresa y un Vocal Colectivo Familiar que actualmente acoge a todos los hijos de la Duquesa de Medinaceli, a quienes ostentan un título nobiliario legalmente distribuido por un duque de Medinaceli y a todos los nietos de la fundadora.